紫外线在穿透物体的时候，能量会被吸收。 超过95%的紫外线能量会穿过质量好的石英套管。紫外线在水中的穿透率会因水中未溶解物和悬浮固体的类型和数量的不同而变化。通过取样和测试，液体对 254纳米紫外线能量的吸收能力参数-称作有效吸收值(C of A)可以被测定。
其它因素
水流模式：为了取得**大的紫外线杀菌效果，紫外线杀菌装置设计上应该没有死角和取得**大的照射时间。 涡流流动设计比层状流动设计好。
紫外线装置外壳：外壳的材料应该是抗紫外线的。在特定的超纯水系统运用中，在紫外线装置内部的涉水部分的材料应该是电镀抛光的316L不锈钢。
温度：紫外线灯管的工作温度会影响灯管的效率。 水温会影响紫外线的穿透率。
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