主体功能区规划将基于国家整体国土资源优化开发利用的原则，打破现有行政管理的局限性。国家正在组织专家进行主体功能区的规划，各省对此都高度关注。然而，由于主体功能区一旦划定，将对各相应区域的经济发展形成新的规制条件，直接影响相应区域的产业选择、技术经济范式选择和经济增长速度，使得主体功能区规划和建设面临一系列考验。从经济学角度对主体功能区进行分析研究，有利于主体功能区规划和建设的顺利进行。 　　主体功能区政策将引发各级政府之间发展权的激烈博弈 　　主体功能区政策是基于国家经济社会可持续发展的目标，依据国家总体生态环境效益**大化原则而制定的；是在生态环境成为经济发展的制约因素，并已经影响生活质量，尤其是影响人的身体健康的情况下，为保证经济、社会和环境可持续发展提出来的，其基本准则是国家整体利益**大化。对于限制开发区和禁止开发区来说，是以“内部”利益损失生产“外部效益”。这就意味着主体功能区规划将使一些地区失去利用本地资源发展经济的权利。例如，为了保证水质和向其他地区的供水量，向城市和重点发展区域供水的大型水源地区和流域的本地用水量将被限制，污水排放的标准将会进一步提高，这必将使水源地区的经济增长受限，失去很多发展机会。 　　从这一角度来说，主体功能区政策将引发各级政府之间发展权的激烈博弈。每个地区都希望进入重点开发行列，从而获得发展的机会。为了使国家国土资源在整体上达到优化开发，一些地区必须放弃发展机会。这是党的十七大报告中重新重点强调统筹中央与地方的关系、全局利益和局部利益关系的重要原因之一。在市场经济体制下，发展机会的公平是社会公平的重要内涵之一，主体功能区规划是对不同区域发展机会的重大调整，这一调整必须得到限制开发区和禁止开发区政府和居民的认同，才有可能使规划得到落实。 　　某些发展机会被“剥夺”的挑战 　　在市场经济体制下，社会公平的基本内涵是机会均等。但是，主体功能规划恰恰是规定了不同生态功能的地区要进行非均衡的经济发展。相对于重点开发区和优化开发区而言，禁止开发区和限制开发区的某些发展机会被“剥夺”了。这就产生了“不公平”。 　　为了弥补这一缺陷，应该对这些区域的居民进行补偿。因为在目前中国的基本社会制度和经济制度体系下，尤其是在财政分灶吃饭的体制下，在对区域经济运行施加主体功能限制之后，限制开发区与禁止开发区的资源开发受控、产业发展受限，地方的财政收入和居民发展经济的机会都会受到制约，这使得这些地区的居民在对其他地区的经济与环境做出贡献的同时，因为发展机会的减少，个人收入受到影响，基于地方财政收入而形成的一部分公共服务的享受也受到影响。这与目前提倡的协调地区发展、实现基本公共服务均等化的要求背道而驰，也不符合地区利益均衡和公平发展的原则。 　　因此，推进主体功能区战略实施面临的一个巨大挑战是中央政府如何向限制开发区与禁止开发区提供因某些发展机会被“剥夺”而带来的经济损失。建立对这两类区域的生态环境补偿和公共服务损失补偿机制，以弥补为提供具有正外部性的生态产品所做出的努力和牺牲，可以在一定程度上解决主体功能区划政策产生的社会不公平问题。 　　在生态补偿和公共服务补偿机制下，财政转移支付政策就起着至关重要的作用。